あくまで、素人の考えだという事を前置きしておいて…。
仕組みのおおまかな所は、作者にとっても、読者にとっても、広告主にとってもありがたい仕組みではあるのですが、それ故に持続的に事業ができるかどうかがものすごく気になるところでして…。
ちょっと私の頭の中で？？になっている部分を書き出してみようと思います。
（どなたかからのレスポンスがあれば、追記の形でリンクしようかと思います。）
・そもそもJコミ自体は持続可能な収益を確保可能か？
「PDFやビュアーの漫画内に入れた広告収入（広告代理店の取り分は除く）はすべて作者に還元」という太っ腹な宣言をしており、Jコミがある程度集客ができる間は「作者側の取り分」については割と気にする必要はないのだと思うのですが、運営元のJコミの取り分は「Jコミサイトの広告収入」のみとの事。
収支をプラスになる必要はないのかもしれませんが、AWSは従量課金のサービスですし、それに見合う収入がトップ広告であげられるかどうか。
あがるのであれば、もちろん問題はないのですが、そこに疑問をもつ方はいるでしょうし、もし低下した場合に最小限穴埋めできるような仕組みがあった方が安心する人が多いんじゃないかと（勝手に）思う訳です。
（まあ、それはベータテストの成果公表でどうにかなるんじゃないかとも思うんですが…）
・作者、作品間のダウンロード数のばらつきをどうするのか？
現在のベータテスト中の作品数でもばらつきが発生している訳で、おそらく本格始動した場合にはもっとひどくなるんじゃないかと思うのです。
作品やページ単位でのTwitterへのコメント反映など確かに割とそれに対する効果があるとは思うんですが、なにかもうひとつ欲しいです。ブログパーツとか…。
あと、そういう作品の新規のファンをどう獲得するか。読んでいないのは「この先生の作品嫌いだから」という方もいらっしゃるとは思うのですが、「ただ純粋に目に触れた事がないから」という事もあると思うのです。
「なんでこの作品を連載時に読んで応援しなかったんだ！」と後悔させる事ができれば、その作者の新たなお仕事に繋がるかもしれませんし、それこそJコミのメリットじゃないかと思うのですが、その仕組みが「コメント」だけでは足りないと思うのです。…思うんですが、手は浮かばないのです…。
（人気の作品と同ジャンルの埋もれた作品を同一ファイルに収録する「アンソロジーコミック」的なものなんてどうかなと思ったけど、それこそPDFだとページごと飛ばせばいいんだし…）
あと、その他にスキャンしていない原本だけが手元にあった場合とかが、あるにはあるんですが、それを書いているとJコミの件から脱線してやたらと長くなりそうですから…。
コメント
・そもそもJコミ自体は持続可能な収益を確保可能か？
恐らくスタッフは専属ではなく、プログラマさんは本職をやりつつこちらにも籍を置く、弁護士さんも必要な時に手を貸すという感じであり、人件費はそれほどではなく、サーバ費用を合わせても月間数十万円単位（年数百万単位）ではないでしょうか。対して赤松先生の収入は億単位。赤松先生の収入からすると自腹を切ってもたいしたことないのではないかと思われます。
また、年間何千万も儲けている人は所得税などの税金で半分近く持って行かれます。事業を行って出費すると経費として落とせるので、その費用は非課税になります。使わなくても税金で取られるので、それなら知人の給与になったり、自分の好きなことに使ったほうがマシという、節税的な意味があります。
また、ＷＥＢの記事でも聞かれていましたが。会社の株は恐らく赤松先生や関係者で保有しているので、Ｊコミに価値が付けば、経営権を失わないまでも、４９％までの株を売却して収益を上げることもできます。上手く行ったら大儲けという宝くじ的意味合いもあります。
そういうことを考えると赤松先生自身が言われていますが、
今すぐＷＥＢの広告収入でＪコミ自体が収益を上げなければ
事業を継続できないという状況ではないと思われます。
・作者、作品間のダウンロード数のばらつきをどうするのか？
Ｊコミの説明にもありますが、企業に対しては一つの作品で規定のクリック数が得られなくても、別作品に広告を出してもらえるので、企業側が損をすることはありません。
作者側が他の人よりダウンロード数が少ないというのはありますが、それはその人の実力なのでＪコミで補てんする問題ではないと思います。
言われるように、現在は開発初期でいろんなメディアにでて注目されているのでダウンロード数が多く、本可動していくにつれ、減る可能性も考えられます。
しかし、今現在Ｊコミを知っているのは赤松先生のＷＥＢページを見たりしているコアなファンだけで、全漫画購読者からすると極一部の人に過ぎず、多くの人はＪコミを知らない段階とも言えます。むしろ、今後Ｊコミ漫画のコピーが進み、ラインナップの漫画が増えると、それに従って加速度的にＪコミを知る人が増え、過去の分を含めダウンロード数が増加する可能性も考えられます。
うーん…概ねそのへんについては、その通りなんだと思います。
赤松社長（先生）は、現在は「ネギま！」を絶賛連載中ですし、実際そんなに心配してません。
ただ、ブログ等で書かれているような「手元に残るという特性を生かした広告」というのが、
ベータテスト時点では、現状では入稿されていない様子で、クライアントがそのような広告
を出せない理由としてなにかしらの疑念を抱かれるとするのなら「そこ」かなと思ったという
のが、気になる点として書かせて頂いた理由です。
あと、「アクセスが少ないのはその人の実力だからJコミで補填する問題ではない」という点。
至極、その通りだと思うのですが「連載時の連載誌が合わなかった」等の理由で短命に終わった連載も少なからずあると思うので（あくまでも個人的な感覚ですが…）もしその作者の「実力」がそのせいで誤認されている事があったとするならば何かの形で、それに近い属性の読者の人を「誘導」する事ができれば本来の力を発揮できるんじゃないかと。
それで人気が上がれば成功ですし、上がらないにしても「その時は得られなかった感想」をいただけるかもしれませんし。その時には足りなかった実力をつけるきっかけになるんじゃないかと。